CER的治理结构由三个主体组成，确保了CER与其成员之间的稳定沟通。这些机构定期举行行政长官和工作级别的会议。
CER管理委员会
的管理委员会向大会提出建议。它由CER主席、四个副主席和大会选出的其他成员组成。管理委员会的人数以16人为限。
CER大会
大会是CER的决策机构。所有成员组织都有一个席位，并由其行政总裁或总干事代表。大会作出战略决定，并就如何推进具体政策问题向CER小组提供指导。
CER助理组
CER成员由其在CER助理组中的国际或欧洲事务经理代表。这个联络小组有助于促进CER及其成员之间不断交换信息。
除这些机构的聚会外，CER还安排进一步的会议和工作组讨论具体问题。所有受影响的成员都被邀请参加这些讨论。
高层会议
客运、货运和基建公司的首席执行官每年至少举行一次单独会议，讨论影响其业务领域的具体问题。在社会事务领域，也有专门的人力资源总监会议。
CER工作组
CER的工作组由CER助理小组的成员或成员公司委派的其他专家组成。主要工作小组如下(按字母顺序排列):
- 客户联络小组
- 海关工作小组
- 经济与税收小组
- 环境和能源战略集团
- CER ERA指导小组(以及关于互操作性和安全性的各种工作组)
- 运费焦点小组
- 人力资源政策工作组
- 基础设施的利益集团
- 法律工作小组
- 客运工作小组
- 安全工作小组
- 社会对话工作组
所有小组定期或临时开会。
建设桥梁
CER在内部遵循的原则是考虑所有成员的意见。CER长期以来的经验表明，当相互尊重的原则适用时，总有办法在各成员的立场之间找到妥协。本着同样的精神，每个成员都可以参加我们协会的每个工作小组。CER始终对新成员开放。
